Inkwizytor Arnold Lowefell staje się coraz potężniejszym członkiem Wewnętrznego Kręgu Inkwizytorium. Cały czas usiłuje nie tylko odzyskać pamięć o swojej tajemniczej i mrocznej przeszłości, ale zmierzyć się z sekretami i wielopiętrowymi intrygami dręczącymi Święte Oficjum. Płomień i Krzyż II to również opowieść o niezwykłych kobietach: o potężnej wiedźmie służącej obecnie chrześcijanom, o czarodziejce swobodnie przemierzającej demoniczne wymiary, o perskiej magini ognia, a także o najsłynniejszej z nich wszystkich - heroinie z antycznych czasów - Valerii Flawii, inkwizytorii Jego Świątobliwości.
Właśnie te kobiety odcisną piętno na losach Świętego Oficjum. One również zdecydują o przyszłości całego chrześcijańskiego świata.